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La classification phylogénétique est un système de classification systématique des êtres vivants. Elle remplace la classification traditionnelle basée sur des traits phénotypiques et des préférences nutritionnelles. Une des grandes évolutions de l'approche phylogénétique est que cette classification bouleverse les classifications fixistes comme celle développées par Linné. La classification binomiale de Linné était basée sur l'adage que toutes les espèces sont apparues en même temps et que celles-ci étaient fixes. Alors que la classification phylogénétique illustre les principes d'évolutions et de parenté des espèces.
[] PrésentationLa classification phylogénétique fut initiée par Willi Hennig en 1950, qui révolutionna ensuite, après la traduction en anglais de son ?uvre, toute la systématique à partir de la fin des années 1960. Les caractères anatomiques des êtres vivants furent alors analysés différemment, rejoints bientôt par les caractères moléculaires. La classification phylogénétique est un système de classification des êtres vivants d'abord fondé sur ce que les êtres vivants ont (au niveau morphologique comme au niveau moléculaire), et non pas, en première instance, sur ce qu?ils n?ont pas (on évitera alors « invertébrés ») ou sur ce qu?ils font (on évitera alors « vivipares », « fouisseurs »). Ce n'est pas une classification écologique ni anthropocentrique. Elle regroupe les êtres vivants sur un type particulier de ressemblance, celles des ressemblances qui sont évolutivement innovantes au sein de l'échantillon d'espèces à classer. Elle s'oppose en cela aux classifications phénétiques qui ne trient pas la ressemblance et font des classements à partir de la ressemblance globale. Elle remplace la classification traditionnelle basée sur une foule de critères, morphologiques mais aussi écologiques, éthologiques, anthropocentriques, et de préférences nutritionnelles. La classification phylogénétique ne valide que des groupes monophylétiques, quels que soient les caractères utilisés, moléculaires, morphologiques, anatomiques, caryologiques, génomiques. Les caractères utilisés pour construire un arbre phylogénétique n'est valable que si celui-ci est un caractère apomorphe partagé par au moins deux taxons. (Un caractère apomorphe est un caractère ancestral qui a été transformé. Ce caractère apomorphe partagé est une synapomorphie. Seul les synapomorphies (ou caractère dérivé) caractérise un clade ou groupe monophylétique. Un groupe monophylétique (ou clade) est un groupe comprenant un ancêtre (ou n?ud) et tous ses descendants. La première hiérarchie est donc composée de trois domaines : Savoir lesquels de ces trois groupes partagent un ancêtre commun qui les distingue du troisième est un sujet de recherche. La systématique phylogénétique dans sa version moderne rejette toute catégorisation des niveaux hiérarchiques. Pour des raisons pratiques, l'arbre du vivant donne lui-même la hiérarchie que tentaient de fournir les anciennes catégories. L'arbre du vivant est, en effet, un ensemble de points de branchement. Chaque niveau est assimilé à un taxon. Un taxon est un regroupement d'organisme définit par un ensemble de synapomorphies. Les points ou n?uds sont obligatoirement un organisme théorique qui possèderait les synapomorphies des n?uds postérieurs dans le cladogramme. Si cet organisme est découvert (fossiles ou autres) un nouvel arbre doit être construit. À terme, si l'arbre restitue la totalité des relations de parenté, tous les branchements devraient être binaires. Le sens des dichotomies n'a rien à voir avec la sexualité ni avec des spéciations binaires, car l'arbre n'est pas une généalogie ("qui descend de qui"), mais reflète uniquement un pouvoir explicatif maximal de l'arbre : un arbre totalement dichotomique réussit à restituer toutes les relations de parenté ("qui est plus proche de qui"). La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est visible (anatomie et morphologie, base de la classification traditionnelle) jusqu'aux séquences d'ADN et d'ARN, en passant par les protéines et les données de la paléontologie. Le séquençage de certaines parties du génome, comme l'ADN des mitochondries ou l'ARN des ribosomes a permis dans les dernières années de faire des progrès importants dans la classification et de résoudre maints problèmes séculaires. L'arbre est obtenu à partir de nombreux critères et fait appel à des algorithmes complexes. Des algorithmes différents peuvent donner des résultats différents. Dans ce cas, celui qui répondra le plus aux critères de parcimonies sera retenu. C'est à dire l'arbre demandant le minimum de transformation de caractères. La classification actuelle est continuellement remaniée en fonction de nouvelles informations. Le site treebase fait référence. Les exemples qui suivent peuvent avoir à être modifiés. [] Exemple de l'HommeUn exemple détaillé permet d'avoir une idée de la différence de résultat, par rapport à l'approche traditionnelle. L'exemple incontournable est celui de l'homme. Voici une partie des n?uds successifs permettant de classer l'homme (certains intermédiaires ont été omis arbitrairement) telle qu'apparaissant dans Classification phylogénétique du vivant (Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, édition Belin) (la description associée à chaque clade est peu rigoureuse et vise juste à fixer les idées) :
[] Différences avec l'ancien systèmeCitons enfin quelques exemples de changements spectaculaires par rapport à la classification traditionnelle.
[] À lire
[] Voir aussi[] Liens externes
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